Hola Aingeru; no sé qué puede haber pasado, "matar" una masa madre es bastante difícil: yo tengo una masa madre a la que le he hecho todo tipo de perrerías (la he alimentado con toda clase de harinas, buenas y malas, blancas e integrales, ecológicas y no ecológicas...), la he dejado a veces bastante tiempo olvidada en el fondo del frigo, bla bla... y nunca ha pasado nada. Eso sí, si empezaste con harinas integrales y has empezado a blanquearla puede ser que notes mucha diferencia, crecerá menos y el olor puede variar. Si tienes dudas, vuelve a alimentarla con harina integral haciéndola bastante espesa, y déjala en un sitio templado hasta que notes actividad (no te obsesiones con alimentarla cada poco, espera a que muestre algo de vida) y seguro que la encuentras activa de nuevo.
La harina Harimsa no es de las mejores porque tiene muchos aditivos, pero no creo que ese sea el problema, yo empecé usando esa harina, incluso para alimentar la masa madre, y nunca tuve problemas.
Por otra parte, una buena idea como recurso es desecar algo de tu masa madre cuando esté ya bien activa y guardarla; así, si algún día tienes problemas siempre puedes recuperarla.
Un saludo y ánimo